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Título: Estimativa de variabilidade genética de plantéis do camarão marinho Litopanaeus vannamei em laboratórios de maturação do Estado do Ceará, baseado em microssatélites e na região controle mitrocondrial
Título em inglês: Estimation of genetic variability of plants Litopanaeus vannamei shrimp maturation laboratories in the State of Ceará, based on microsatellite and control region mitrocondrial
Autor(es): Silva, Samara Cardoso da
Orientador(es): Maggioni, Rodrigo
Palavras-chave: Carcinicultura Ceará
Camarão - Criação - Ceará
Litopanaeus vannamei
Data do documento: 2007
Editor: http://www.teses.ufc.br/
Citação: SILVA, S. C. da, ; MAGGIONI, R. (2007)
Resumo: Visando não só o progresso da carcinicultura como também a sua sustentabilidade, novas técnicas e tecnologias vêm sendo buscadas. Dentre elas, destaca-se o desenvolvimento de programas de melhoramento genético, os quais visam à construção de linhagens de altas performances. Atualmente, a classe de marcadores moleculares mais amplamente utilizados para avaliar e monitorar a variabilidade genética, tanto em populações naturais como em espécies domesticadas, são os microssatélites, devido ao seu alto polimorfismo e co-dominância. Outra classe de marcadores utilizada é o conjunto de genes do DNA mitocondrial, no qual a região controle, rica em A+T e não codificadora demonstrou ser a mais útil para avaliação de variação genética intraespecífica, quando comparada com outros genes mitocondriais. No presente estudo, locos de microssatélites e a região controle mitocondrial de Litopenaeus vannamei foram utilizados com o objetivo de estimar a variabilidade intraespecífica e avaliar o potencial destas regiões do genoma em subsidiar a elaboração de estratégias que permitam explorar o potencial representado pelo germoplasma disponível. A variabilidade de reprodutores de laboratórios de maturação de duas fazendas do Estado do Ceará foi analisada através da utilização de 10 loci de microssatélites. A diversidade genética entre os laboratórios foi estimada pelo número de alelos por loci e heterozigosidade observada que variaram de 3,0 a 10,5 e de 0,46 a 0,84 respectivamente. Desvios do Equilíbrio de Hardy-Weinberg foram detectados para a maioria dos loci estudados dos dois laboratórios. Os níveis de endocruzamento foram analisados pelos valores positivos de Fis com exceção do loci 1003 que apresentou valores negativos para os dois laboratórios. Valores de Fst não demonstraram diferenciação significante entre os dois laboratórios. Na análise da região controle mitocondrial o alinhamento das seqüências obtidas apresentou alta homologia entre si. Um dendrograma construído a partir da matriz Kimura 2P entre as seqüências deste estudo e seqüências de populações naturais disponíveis no GenBank®/NCBI demonstrou um bom nível de variabilidade da região controle mitocondrial, não havendo nenhum tipo de diferenciação populacional entre estas. Com os resultados obtidos neste estudo percebe-se que as populações de camarão marinho cultivados no Ceará ainda guardam grande variabilidade genética e os plantéis estudados já acumulam diferenças genéticas, ainda que em pequeno nível.
Abstract: Shrimp is the most important commodity, by value, in the international seafood trade, while new techniques and technologies are needed to keep the shrimp farming and industry growing exponentially and with sustainability in Brazil. Shrimp farmers and aquaculture scientists will demand knowledge gathered from genetic improvement programs through husbandry and/or disease management to reduce the loss of genetic diversity in successive generations. A currently popular type of molecular marker aproach to evaluate genetic variability (both in wild and farmed populations) is microsatellites. They can be assayed more rapidly than other types of molecular markers and their high allelic nature (high polymorphism and co-dominance) means that they confer more information per unit assay than any other marker systems, thus reducing costs. Another type of marker is the sequence analysis of hypervariable segments within the mitochondrial DNA (mtDNA) control region, a set of non-coding A+T rich genes that are useful to evaluate genetic intraspecies variation. In this study, microsatellite loci and the mtDNA control region of Litopenaeus vannamei were used to estimate the genetic variability of commercial broodstocks. Expected results might help in developing strategies to fully explore the available germplasm. Broodstocks from two laboratories located in the State of Ceará were investigated using 10 microsatellite DNA loci. The genetic diversity between laboratories was indicated by the number of alleles per locus, together with the observed heterozygosity (ranging from 3,0 to 10,5 and from 0,46 - 0,84, respectively). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium were found at most loci in both laboratories. Inbreeding levels have shown positive Fis values, exception made to the locus 1003 that had negative values for both laboratories. Fst values were not significantly different between the two laboratories. Analyses of multiple sequence alignment of the mtDNA control region showed high homology. Using Kimura’s two-parameter (K2P) model, a dendrogram was generated with our sequences (those obtained in this study) and wild populations’ sequences available at GenBank®/NCBI. The resulting dendrogram confirmed a good variability index in the mtDNA control region, without evidences of population differentiation among them. Accordingly, analyses of our data do indicate that cultured shrimp populations in Ceará still keep some level of genetic variability, with studied broodstocks seeming to have accumulated genetic differences.
Descrição: SILVA, Samara Cardoso da. Estimativa de variabilidade genética de plantéis do camarão marinho Litopanaeus vannamei em laboratórios de maturação do Estado do Ceará, baseado em microssatélites e na região controle mitrocondrial. 2007. 71 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007.
URI: http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/1624
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