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Título: Determinação da estrutura tridimensional de uma lectina de sementes de Canavalia boliviana por cristalografia de raios X
Título em inglês: Determination of three-dimensional structure of a lectin from seeds of Canavalia boliviana by X-ray crystallography
Autor(es): Moura, Tales Rocha de
Orientador(es): Cavada, Benildo Sousa
Palavras-chave: Bioquimica
Lectina
Canavalia boliviana
Raios X
Estrutura tridimensional
Lectin
X-ray
Three-dimensional structure
Data do documento: 2009
Citação: MOURA, T. R. (2009)
Resumo: Lectinas de plantas são proteínas de origem não-imune contendo pelo menos um domínio não-catalítico, capaz de se ligar específica e reversivelmente a mono ou oligossacarídeos, podendo ou não apresentar sítios catalíticos. As lectinas de planta são o grupo mais estudado dessas proteínas. Apesar da alta similaridade dos membros da subtribo Diocleinae, apresentam diferenças na especificidade a carboidratos e atividades biológicas variadas. A lectina de sementes de Canavalia boliviana foi purificada utilizando cromatografia de afinidade em matriz de Sephadex G-50 e cristalizada por difusão de vapor a 293 K. Após otimizações bons cristais foram obtidos utilizando a condição de 0,1M de HEPES pH 7,5 com 3,0 M de formato de sódio. Os cristais apresentavam o grupo espacial monoclínico C2, com parâmetros de cela de a = 126,70 Å, b = 66,64 Å, c = 64,99 Å e ângulos de α = 90,0° β = 120,8° γ = 90,0°. Observando a presença de um dímero na unidade assimétrica foi estimada uma concentração de 46% de solvente no cristal. A estrutura foi resolvida a 1,6 Å usando substituição molecular para resolver o problema das fases e as coordenadas da CGL foram utilizadas como modelo. O refinamento foi satisfatório com Rfator e Rfree 17,89 e 20,71 respectivamente e todos os resíduos de aminoácidos se mostraram em regiões permitidas no gráfico de Ramachandran. A estrutura primaria apresentou identidade de 98% com a ConA e outras lectinas do tipo ConA. A estrutura tridimensional se mostrou semelhante com outras estruturas já descritas, mas algumas diferenças foram observadas principalmente em regiões de “loop”. Essas diferenças podem ser responsáveis pelas diferenças nas atividades biológicas dessas proteínas
Abstract: Lectins are proteins of non immune origin with non-catalytic site that bind reversibly and specific carbohydrates, containing or not a catalytic-site. Plant lectins are the most studied group of carbohydrate binding proteins. Despite the high similarity between the members of the Diocleinae sub tribe (Leguminosae) group, they present different biological activities. Canavalia boliviana lectin (Cbol) was purified using a Sephadex G-50 column and crystallized in the presence of X-Man by hanging-drop vapor diffusion at 293K. After optimizations crystals suitable for diffraction were obtained under the condition 0.1 M HEPES pH 7.5 and 3.0 M sodium formate. The crystal belongs to the monoclinic space group C2, with unit-cell parameters a = 126.70 Å, b = 66.64 Å, c = 64.99 Å and the angles α = 90.0° β = 120.8° γ = 90.0°. A complete data set was collected at 1.5 Å resolution. Assuming the presence of a dimmer in the asymmetric unit, the solvent content was estimated to be about 46%. The structure was solved at 1.6 Å using molecular replacement to solve the phase problem and CGL coordinates was used as model. The refinement was satisfactory Rfactor and Rfree were respectively 17.98 and 20.71 and all amino acids residues were found in allowed regions. The primary structure showed 98% of identity to ConA and others ConA like lectins. The tridimensional structure observed showed high similarity to others already described structures, but some differences could be observed mainly on loop regions. These differences could be responsible for the distinct biological effects of these proteins
Descrição: MOURA, Tales Rocha de. Determinação da estrutura tridimensional de uma lectina de sementes de Canavalia boliviana por cristalografia de raios X. 2009. 73 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2009.
URI: http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/18862
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